本所興建之澎湖水族館(1998年開館)位於澎湖縣白沙鄉岐頭村,隸屬於本所澎湖海洋生物研究中心,佔地約3000餘公頃,為國內首設結合科技研究、社會教育及觀光遊憩等設計功能的水族館。水族館位在澎湖白沙鄉白沙養殖場內,距馬公市區路程約十五公里,面積約有二公頃半,建館面積四千六百九十平方公尺,分為二層,規劃瞬間最大容量為五百人,展示包括了以澎湖群島為中心,半徑二百公里內的海洋生物。澎湖水族館目前已有兩百餘種,預計擴充至四、五百種澎湖及臺灣地區海域魚類供民眾參觀,以規模和蒐藏展示品質來說,已經達到國際級水準,傲視東南亞國家的水族館,因此十分有看頭,同時長達二十餘公尺的海底隧道、大洋池、親水池與靜態展示等,都可提供民眾一處休閒參觀與吸收知識的據點。

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