優良的蝦苗來自未帶病原的健康種蝦，因此在篩選種蝦前，最好先將池中培育的成蝦抽樣進行聚合酶連鎖反應 (polymerase chain reaction)，確定無特定病原 (specific pathogen free) 後，再選擇體表光滑無傷痕，蝦體觸感紮實與活力好、攝食佳者。體型方面，一般雄蝦體重約30-40 g，雌蝦在35-50g為佳。
培育優良種蝦過程中，繁殖業者要注意做好人員、器具、水質及餌料等方面的管理工作。在人員部分，進入種蝦區域前，需落實手部及腳部消毒作業並準備該區專屬的撈網和長柄刷，避免操作過程中，因共用器具而造成不同區域種蝦產生交叉感染的風險；種蝦桶上方覆蓋黑布遮陽 (圖1)，以防止桶槽池壁或池底長出綠藻，進而影響水質。
圖1、桶槽上方覆蓋黑布遮陽
水質的管理相當重要，種蝦養殖須24小時流水，鹽度勿低於26 psu，水溫盡量維持在26-30°C，並保持水質清澈。海水中經常含有大量的雜質，如引入的海水未先經處理直接使用，時間一久，種蝦容易出現黑鰓情況。因此種蝦的養殖用水需透過濾袋中活性碳或以過濾系統先行過濾水中大量的鐵、錳等雜質(圖2)，從而降低黑鰓發生的機率。
圖2、引入海水時先以濾袋過濾水源(左)；濾袋濾水後可發現殘留之懸浮物及鐵錳等雜質(右)/p>
在投餌管理方面，投餵的生餌以南極蝦和青蟲為主。上午先投餵南極蝦，投餌率原則上為種蝦體重8-10%，但實際投餵量還是需視其攝食情況調整。由於南極蝦含有磷蝦油，容易，導致池水產生不良的菌相及優養化，因此在下午餵食青蟲前，須先進行排汙，每日至少排汙一次，然後再投餵青蟲(圖3)，投餵量為每百隻種蝦約餵食青蟲300-400 g，再依種蝦大小及實際攝食情況做調整，通常以餵食下一餐(隔天早上)之前攝食完即可。
圖3、正在攝食青蟲(左)的種蝦
培育優良種蝦除須遵守上述幾點管理注意事項外，最重要的還是養殖人員每天不厭其煩的細心觀察種蝦的外觀、腸腺及活力等狀況，才能在第一時間點給予最佳的照顧。有優良的種蝦才能生產品質優良的蝦苗，有優良的蝦苗才能提高中間育成活存率，同時減少受病原感染的風險。