| 2006年度種鰻放流 | 黃家富、劉富光 | 2006 |
| SPF白蝦養殖示範場之建立 | 鄭金華、楊明樺、楊生山、陳紫媖、曾寶順、林明男 | 2006 |
| SPF白蝦繁養殖技術之建立與優良品系之選育 | 鄭金華、劉冠甫、楊明樺、楊生山、洪崑龍、陳紫媖 | 2006 |
| 九孔之遺傳育種研究 | 曾福生、周賢鏘、余俊欣、盧民益、朱恵真、林金榮 | 2006 |
| 九孔餌料龍鬚菜之清潔與消毒研究 | 黃俊翰、蘇惠美、陳紫媖 | 2006 |
| 人工溼地生態化養殖系統的建立 | 郭世榮、邱靜山、邱英哲、林明男、葉信利 | 2006 |
| 上市文蛤物流管理模式之建立 | 郭仁杰、葉信利 | 2006 |
| 大宗漁獲物機能性調理食品－沖泡式速食湯調理包之開發 | 馮貢國、葉龍山、王文政、吳純衡 | 2006 |
| 不同光周期下蓄養配對之庫達海馬的產子次數及產子數量之研究 | 許鐘鋼、陳岳川、劉素華、蘇勰忠、黃金峰、蔡萬生 | 2006 |
| 不同鹽度對大口湯鯉種魚成熟及孵化之影響 | 林天生、楊順德、劉富光 | 2006 |
| 文蛤池進行蝦類箱網養殖系統之建立 | 何雲達、葉信利、林明男 | 2006 |
| 文蛤源頭管理及養殖模式之建立 | 周昱翰、林益州、葉信利 | 2006 |
| 日本鰻之人工繁殖技術改進研究 | 陳冠如、白志年、董聰彥、賴仲義、劉富光 | 2006 |
| 水產加工副產物機能性產品研發Ⅱ－低度利用之海藻作為肌膚清潔保養品之研究 | 藍惠玲、賴志行、徐涵怡、郭昭儀、高淑雲、吳純衡 | 2006 |
| 水產即食調理食品之開發 | 彭昌洋、楊智翔、張嘉琦、林姿君、楊淑媚 | 2006 |
| 水產飼料之抗生物質污染調查 | 吳豐成、陳敏隆、陳麗靜、黃靖雯、蔡櫻慧、許秀枝、葉信利 | 2006 |
| 水產養殖衛生安全體系建立與認證之研究－文蛤養殖產業衛生安全制度之研究 | 李武忠、林金榮 | 2006 |
| 以單位加入生產量模式初探太平洋黑鮪資源動態 | 吳繼倫、李祐竑、陳彥民 | 2006 |
| 台灣北部海域中小型拖網單位努力漁獲量之調查研究 | 秦韶生、黃士宗、黃四宇、康偉福、陳慶聲、陳玉姬 | 2006 |
| 台灣西南海域拖網漁業主要漁獲物之漁況生物特性調查研究 | 吳春基、陳守仁、陳羿惠、翁進興、陳秋月、潘惠婉、張麗美、黃建智、葉信明、蔡家聖、邵琬絜、吳宛潔、吳龍靜 | 2006 |