| 100年度鰻魚人工放流 | 劉富光、黃家富、黃瀛生、陳紫媖、李彥宏、韓玉山 | 2011 |
| WSN建構澎湖海域及水產種原環境監測網 | 林志遠、呂逸林、蔡萬生、陳世欽 | 2011 |
| 水產生物種原庫營運與種原保存和利用之研究 | 白志年、黃世鈴、陳榮華、董聰彥、張湧泉、陳冠如、張素容、張格銓、黃瀛生、劉富光、城振誠、黃丁士、許鐘鋼、謝恆毅、鐘金水、呂逸林、林慧秋、蔡萬生 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－大蒜拮抗石斑腸炎弧菌症之效力 | 郭錦朱、郭誌明、沈昱德、陳紫媖 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－水產種原分子生物技術輔助育種平台之建立 | 曾福生、商志毅、朱惠真、謝立偉、林金榮 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－石斑魚重要疾病之研究 | 張志堅、林金榮 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－吳郭魚鑑種、品系保存及選育技術之研發 | 張格銓、張素容、張湧泉、陳榮華、劉富光 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－建立水產養殖之生物防疫生產模式 | 鄭金華、任俊懿、王盈斌、許月娥、陳紫媖 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－海鱺接種含不同佐劑的發光桿菌疫苗之抗體反應 | 郭錦朱、沈昱德、郭誌明、陳紫媖 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－神經壞死病毒感染石斑魚細胞株之蛋白質體研究 | 李佳芳、林金榮 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－豹鱠種魚培育及幼苗育成之研究 | 許鐘鋼、涂嘉猷、蘇勰忠、黃金峰、陳岳川、蔡萬生 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－高效能老虎斑飼料之研發 | 何碧月、周瑞良、鄭世榮、陳盈達、陳紫媖 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－龍膽石斑遺傳育種之研究 | 林峰右、吳育甄、胡益順、黃致中 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－優質水產種苗石斑量產技術研發 | 朱永桐、陳陽德、梁貴龍、吳承憬、邱靜山、黃政軒、葉信利 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－優質海鱺種魚培育與育種(Ⅲ) | 李彥宏、潘明燦、吳祥恩、蔡蕎善、莊恩賜 | 2011 |
| 水產種苗研究團隊－應用微生物增強魚體免疫力之研究 | 黃世鈴、楊豐隆、劉富光 | 2011 |
| 水產機能複方作為老化延緩之保健食品研發 | 蔡慧君、蔡儀冠、何欣珏、吳純衡 | 2011 |
| 以細菌生產益菌質及其應用 | 黃美瑩、黃詩涵、林金榮 | 2011 |
| 台灣水產重要病原菌及衛生菌快速檢測套組之研發－水產鏈球菌快速檢測套組 | 張錦宜、吳嘉哲、林金榮 | 2011 |
| 台灣北部海域底棲魚類資源之調查與管理(III)－重要經濟種類及其分布 | 陳威克、吳全橙、莊世昌、陳玉姬、陳悅祥、吳繼倫 | 2011 |