農委會水產試驗所正在積極發展魚塭養殖牡蠣新技術。牡蠣是台灣主要養殖貝類，為濾食性動物，以水中的懸浮有機顆粒為食，主要以浮游微細藻類為主。養殖魚塭用水的營養鹽濃度高，故浮游微細藻類濃度也高，很適合用於牡蠣養殖。藻類會吸收大氣中的二氧化碳進行光合作用，所以養殖牡蠣也可以達到減碳的成效。
牡蠣在成長過程中可將游離態的碳，固化成碳酸鈣，沉積在牡蠣殼。以全台沿海牡蠣養殖為例，每公頃約產生20公噸以上的牡蠣殼，其成分約90%為碳酸鈣(CaCO3)，換算每公頃每年的碳固定量為約2公噸。
台灣養殖的牡蠣種類大多是葡萄牙牡蠣，牡蠣在台灣養殖已有百餘年的歷史，主要養殖區域分布在西部海岸，從新竹到屏東沿海地區，養殖方式為浮筏式養殖方式為主。牡蠣對食物無法主動選擇，只要有適合的浮游微藻、有機碎屑，甚至一些浮游動物，都可在牡蠣的胃內含物發現，但仍以浮游植物為主。
善用魚塭的微細藻類來養殖牡蠣，不但可以有效回收有用的生物碳源，而且可以減碳，可稱之為綠色水產養殖的最佳典範，已成為全球養殖的新趨勢。