為解決九孔苗落板及養殖九孔大量死亡問題，農委會水產試驗所利用所建立的九孔分子標誌生物技術，輔導進駐本所育成中心的九孔養殖業者利用雜交方法，進行系統雜交，生產雜交子代幼苗一批，於新北市東北角海底池養殖結果，經歷颱風及東北季風侵襲，並未發生大量死亡情形；間捕採收作業時，九孔也能耐受採收壓力繼續成長，每個池子可間捕收成3次，產量大幅增加，單位面積產量達前3年的3倍以上，且品質相當優良。希望在農委會漁政單位及試驗單位通力合作下，九孔養殖產業的復甦指日可待。
九孔養殖在台灣已有30餘年歷史，年產量曾高達2,497公噸，產值達20億元。但自民國91年起，陸續發生幼苗大量落板死亡現象及養殖九孔大量死亡情形，重傷九孔繁養殖產業。水試所根據多年的現場調查發現，九孔幼苗因畸形率高而導致高的死亡率，又養殖九孔未達上市體形即已成熟，遇有水溫劇變的刺激即大量排精排卵，導致身體虛弱而大量死亡。這種幼苗畸形率高及早熟現象是近親繁殖的結果。水試所利用分子標誌證實養殖族群的遺傳變異及基因歧異度遠低於野生九孔族群，而幼苗落板大量死亡與基因歧異度低有極顯著關係。
水試所乃輔導九孔業者，協助篩選野生貝與養殖貝進行雜交，以改善基因窄化問題，結果顯著提高育苗活存率及成貝養成率。業者於民國97年從日本引進野生九孔成貝，經本所利用基因歧異度予以分群歸類後，以系統雜交方法育成幼苗，大幅改善幼苗落板大量死亡與早熟問題。同時增強幼苗抗逆境能力，經颱風侵襲及東北季風等天候劇變考驗結果，都沒有造成死亡情形。比較民國99年以前，東北角之養殖九孔因無法越冬，在10月前即需完全捕獲。經本所與輔導業者合作所培育出之九孔，不但可耐低溫，且可跨年連續採捕收成（如圖），累積生產量也超過往年的3倍以上，且品質優良，大小也達到外銷日本的需求。相信在產官學研界的密切合作下，不久後可再創九孔產業的榮景。