本所自2003 年起執行「台灣周邊海域漁場環境監測計畫」，運用漁業試驗船「水試一號」與「水試二號」及其配備的各項科儀設備，持續於周邊海域各測站蒐集水溫、營養鹽、葉綠素及浮游生物等漁場環境資訊，以提供學術研究及永續漁業管理作為重要參考依據。此外，本計畫並出版航次報告以雙語方式記載彙錄同仁們辛苦出海採樣調查的成果，希冀將所獲得之各項漁場環境資訊作為接軌國際、漁業管理與學術應用之橋梁，進而為周邊海域漁業發展奠定良好之基礎，作為達成資源永續利用的重要基石。