2011年本所共計發表23篇SCI及3篇SCIE報告，完成6項技術移轉與獲得1項專利；為了加速研發成果商品化，輔導產業創新，於2009年11月成立的創新育成中心，迄今已有8家廠商簽約進駐；11月間，本所、國立屏東科技大學、國立台灣海洋大學以及屏東縣政府等共同主辦的「2011石斑魚養殖國際研討會」，吸引來自11個國家，將近600位的專家學者與養殖業者與會，圓滿達成增進產官學交流及凝聚共識之任務；為慶祝建國百年，於12月3日舉辦創所八十三年來的首次開放日參觀活動－水產嘉年華，展示最新的研究成果，總計吸引將近二千人次的民眾踴躍參加；應邀參與「台灣國際生物科技大展」、「臺北國際發明暨技術交易展」、「行動國科會、新興與綠能科技展」、「海洋知識活動日」等各項重要展覽，落實研發成果的宣導與推廣等。