回顧過去一年，在本所全體員工的同心攜手，積極努力之下，各項業務的年度目標均能順利達成。揖其要者，去年本所共計發表26篇SCI報告，完成10項技術移轉與獲得1項專利；為了加速研發成果商品化，輔導產業創新，於2009年11月成立的創新育成中心，迄今已有8家廠商簽約進駐；9月間，本所與國立臺灣海洋大學聯合辦理「吳郭魚生產技術與產業發展研討會」，吸引產、官、學界百餘人熱烈參與；11月間，由國立臺灣海洋大學主辦、本所協辦的「第15屆東亞鰻魚資源協議會」，臺、日、韓相關學者專家與決策者應邀與會，就鰻魚資源的銳減原因與合作課題進行深入研討，本所有多位同仁出席並發表相關研發成果；應邀參與「522國際生物多樣性日－許海洋一個未來」、「2012臺灣國際生物科技大展」、「基隆鎖管季」、「臺北國際發明暨技術交易展」、「2012臺灣觀賞魚博覽會－珊瑚礁區展覽」、「農業藝起來—農業創藝展」等各項重要展覽，落實研發成果的宣導與推廣等。尤其值得一提的是，本所銜命組成的「水產種苗」與「觀賞魚」兩大研發團隊，因為績效卓著，榮獲101年度農委會十大研究團隊重大研發實績獎：「優質石斑魚種苗量產技術研究」、「海水觀賞魚繁養殖及長程運輸技術研發」榮譽。
本年報據實彙錄了同仁們在2012年中一步一腳印的努力成果，除為本所推動臺灣漁業發展之重要事蹟，留下歷史紀錄外，也可以藉此機會再度檢視過去一年來的利弊得失，以惕勵於來茲。年報內容若仍有未盡週全之處，亦請各界先進不吝指正、賜教。