基於生態系的漁業管理 (ecosystem approach to fisheries management, EAFM) 是生態系方法 (ecosystem approach, EA) 應用在漁業管理的實踐，惟EA考量所有生態系；而EAFM則著重生態系中與漁業有關的部分。因此，EAFM是同時考量生態系組成和利用生態系可獲得的社會及經濟利益，將管理焦點從單一魚種轉向整體生態系統，並從生態系的角度探討漁業資源與魚種/生物量/環境的相互作用，在良善管理下尋求生態系健全和人類福祉之間的平衡，以獲取永續發展和最大永續生態效益。
永續發展是尋求生態系福祉與人類福祉之間的平衡，並且不能損害後代子孫福祉，一般包括3個主要成分：生態系福祉、人類福祉與良善管理，這也是EAFM在尋求漁業永續發展時必須同時考量的3個主要成分。
EAFM主要目標是可持續利用整體生態系統，而非僅限單一物種。套用EAFM並不代表必須捨棄現行漁業管理制度重新開始，而是在現行管理框架下漸次套用EAFM。表1比較了現行漁業管理與EAFM制度在考量12個管理要素時的差異。