吳郭魚是重要的養殖魚種，2019年產值將近新臺幣29億元 (漁業統計年報，2019)，主要養殖種類為尼羅吳郭魚 (Oreochromis nilotica) (圖1)、紅色吳郭魚 (圖2) 及雜交吳郭魚 (O. nilotica × O. aureus)；其中，尼羅吳郭魚係由本所鄧火土前所長及國立臺灣海洋大學游祥平教授於1966年自日本引進，在臺灣有長期的養殖歷史。
現今的吳郭魚養殖為促使效率與品質的一致，成長、抗逆境、單性養殖等性狀的綜合表現成為育種時須考量的因素。傳統育種方法，是依據吳郭魚的外表型 (Phenotype, P)，最常見的為選拔育種 (selective breeding)，即挑選成長快的個體進行培育；而雜交育種則是以歐利亞吳郭魚 (O. aurea) (圖3) 及尼羅吳郭魚交配產生單性魚苗，具有較強的抗病力；另有大型跨國育種計畫改良出的吉富吳郭魚 (Genetic Improvement of Farmed Tilapia, GIFT)，該研究團隊鑑於各地吳郭魚經長期養殖與近親交配後，造成基因窄化，乃積極蒐集各國養殖與野生種原，先建立混和基本族群，經6代的選種後，建立高成長的吉富品系 (NAGA Worldfish, 2004)。