日本寶石珊瑚漁業的管理基於 「漁業法」及「水產資源保護法」，由地方政府 (都道府縣) 漁業協調條例與海區漁業協調委員會指示進行管理。依日本水產廳資源管理部資料，日本寶石珊瑚漁業的主要產地位於高知縣、沖繩縣、鹿兒島縣、東京都及長崎縣等5都縣，以「知事許可制」准許寶石珊瑚漁船進行採集作業，合計許可數漁船數約370－380艘；寶石珊瑚年產量約3－4公噸；主要作業漁法分傳統作業方式之珊瑚網漁業，以及現代式無人潛水艇等2種方式進行採集。而高知縣的寶石珊瑚漁船許可數約360艘，佔日本寶石珊瑚漁船許可數量的9成以上，高知縣為日本寶石珊瑚漁業的重要產地。