日治時期1914年臺灣總督府在澎湖廳媽宮設立水產試驗所，為現今澎湖海洋生物研究中心之前身，並於1918年廢止澎湖水產試驗所。
1971年奉准成立馬公工作站，初期以澎湖近海漁況及珊瑚漁業調查為主，於1973年升格為臺灣省水產試驗所澎湖分所。1976年奉准撥用澎湖水產學校實習工廠，作為改善澎湖地區水產加工業發展業務，1984年為因應栽培漁業之未來發展，於馬公增加資源保育業務，1988年並奉准建造43噸級近沿海試驗船－海安號，全面推動澎湖水產業之發展。1996年成立澎湖水族館，1999年改隸行政院農業委員會，2002年和澎湖水族館合併，改稱澎湖海洋生物研究中心。