旗魚為大型高度洄游性的經濟魚類。早期，鏢刺旗魚技術由日本傳入後，台灣東部地區漁民開創了鏢旗魚漁業，成為主要的漁獵方法。目前，旗魚主要來自鮪延繩釣漁業，是鮪釣漁業的混獲魚種之一。由於鮪魚資源的過度利用，各國際鮪魚資源管理組織亦開始關注旗魚資源的動態。