本所為保育重要水產生物的遺傳資源，維護遺傳歧異度，以利發展水產高科技產業，強化我國漁業及相關產業的國際競爭力，於2000年6月28日奉行政院核定籌建國家水產生物種原庫，並列入政府中長程公共建設計畫，2001年度起正式編列預算實施。惟本計畫於2003年奉行政院函示重新檢討各支庫之籌建優先順序，並於2003年12月核定本所修正計畫，應於2005年先完成鹿港、澎湖兩支庫，進行成效評估後，再於2007年起接續建置台東支庫及東港主庫。本所為配合行政院2005年核定之『深層海水資源利用及產業發展綱領計畫』，同年4月研提「籌建國家水產生物種原庫計畫－台東支庫」送行政院核定在案，後又經經建會委員會決議，增列「深層海水應用於溫控精緻農業之研發與應用」，並於2006年1月23日奉行政院函核定在案。