近年來水域環境因受污染而日益惡化，加上人為的濫捕、河川地的開發、水庫攔砂壩的建設等種種因素，均對天然水族的生物生存造成威脅。因此，設立水產生物種原庫，以保存可利用的優良水產生物種原是一項非常重要且迫切的工作。目前許多國家如美國、英國、日本、南非、澳洲、菲律賓等對水產生物種原保存的工作已有具體成效，至於台灣對水產生物的保種工作尚屬起步階段，亟需建立有系統及有規模的水產生物種原庫。目前水產試驗所已完成國家水產生物種原庫各支庫之整體規劃設計，即將展開硬體建設工程。本中心在規劃初期即預定為淡水魚類種原保存支庫，因此自1995年即開始執行魚類的保種工作。本中心保存之水產生物以淡水種類為主，如鯉魚、鯽魚、各類吳郭魚…等。主要保種池有：淡水溫室保種池、室內循環水保種池、室內FRP循環水養殖槽、室外FRP養殖槽、室外水泥池及土池等。自各地養殖場尋找適合作為種原保存的種類，記錄其形態特徵、地理分佈、生態習性、養殖情形等，所有種類以數位相機拍照建檔，以建立水產種原資料庫。2002年計繁殖草魚、紅鯁魚、鯽魚、鯉魚、歐利亞吳郭魚、莫三鼻克吳郭魚、尼羅吳郭魚、吉利吳郭魚、紅色吳郭魚、明潭吻鰕鯱、圓田螺、石田螺、大肚魚等種類之魚苗做為保種生物延續、更新及種原利用。種原庫所保存之種類2001年已達35種，2002年再增加5種，共為40種。