牡蠣是台灣重要經濟養殖貝類之一，是近年來較有利潤之養殖種類。因此，在台南市沿岸海域大為盛行，養殖棚數大幅成長。養殖區域主要在安平與安南區沿岸海域，離岸約1~2海浬處，以浮棚垂吊方式養殖。2001年10月至2002年5月養殖期在漁會登記之棚數有2092棚；2002年養殖期有1596棚，但實際放養棚數比登記者約高60%。由於扁蟲為害，導致牡蠣死亡嚴重。養殖牡蠣遭受扁蟲侵害曾於1979年發生在澎湖地區，死亡率達53%，1985年更高達90%。扁蟲學名為Stylochus orientalis Bock (東方柄渦蟲)，體型大者直徑達5 cm，呈卵圓形，背面為黑褐色，有一對黃褐色觸角，有觸角眼、腦額眼與邊緣眼。腹面為乳白色，中央部位有咽喉褶，口位於褶中央之一小圓孔。蟲體屬雌雄同體，腹面後端有二生殖孔，雄生殖孔在前，雌生殖孔在後。可行無性分枝生殖及有性生殖。扁蟲行異體交配，皮下注精，交配後在牡蠣殼內產卵，每次產卵約有4萬個，10天孵化，稚蟲呈長橢圓形，表面有纖毛，呈向光性反應，以正弦波動式迴轉前進。稚蟲遇牡蠣時，以小圓圈方式快速轉動，體形變扁平的橢圓形而附著，失去游動力，再以爬行或是利用水流滑行移動，養殖密度愈高受害愈嚴重 (陳，1989)。扁蟲對化學藥劑忍受性高，且在海域中施用化學藥劑之困難度很高，雖可用物理方法防治，但效果並不很理想，欲確實降低損失，應以降低養殖密度與隔絕扁蟲入侵養殖區做為最重要之考量。為了解目前該養殖海域狀況，除監測該海域水質外，特針對牡蠣敵害扁蟲族群量之變動加以調查，以及實施敵害防治探討，供業者參考。