牡蠣是台灣重要的經濟養殖貝類之一，也是近年來較有利潤的養殖業，因此，在台南市沿岸海域相當盛行。養殖牡蠣的蚵棚數大幅成長，養殖區域主要集中於安平與安南區沿岸，離岸約1~2海浬的海域，以浮棚垂吊方式進行養殖，養殖情況相當良好。然而自90年10月起，陸續發現牡蠣受到扁蟲的嚴重危害。澎湖地區的養殖牡蠣過去亦曾遭受扁蟲危害，死亡率達53%，甚至有高達90%者。台南市養殖海域的牡蠣遭受扁蟲危害，據本所海水繁養殖研究中心所做的水質調查，並未發現有異常之處，且合乎衛生署公告之乙類海域水質標準，為適合養殖的用水。根據文獻記載，扁蟲危害牡蠣與久旱不雨導致沿岸海域海水鹽度偏高有關。另外，在養殖期間調查2092座蚵棚，顯示該海域有養殖密度過高的情形，其中尤以四草沿海放養的密度最高，受害程度也最為嚴重。經該中心及相關單位共同研討的結果，認為首要工作在減少蚵棚數，以降低養殖密度，其次則為加強養殖管理。經宣導並在養殖漁民的自動配合下，蚵棚數總計減少25~28%。養殖密度降低後，該區養殖牡蠣的活存率回升到70~80%。在沿海養殖的牡蠣，會遭受扁蟲、蚵螺、管形蟲、石蓴、海綿、沙蠶與淡菜等寄生生物的侵害，這是在天然海域中常會發生的現象，為減少此等情事的發生，提出下列因應措施及建議，供業者養殖管理上的參考。蚵串在海中採集牡蠣苗的同時，亦可能有扁蟲苗等寄生生物附著。所以分苗掛養前，要先抑制扁蟲苗等的發生。此階段可在岸上進行，先將蚵串放入淡水中浸泡30~60分鐘，或放入鹽度為13%的海水中浸泡10分鐘，扁蟲等即會被殺死或被抑制，這二種方法操作容易，且效果顯著。亦可用日曬風乾的方法來去除附著寄生生物，惟所需時間較長。分苗掛養時要注意放養密度不能過高，不僅放養的柯棚數要減少，而且每一蚵棚架的蚵串吊掛數也要減少。放養密度降低，整個放養海域水流會較通暢，成長中的牡蠣就較不會被水中的塵土所沉積覆蓋，而影響成長；同時較不易受扁蟲等寄生生物的附著危害，死亡率自然就會大幅下降。放養後要經常巡視，檢視牡蠣的成長情形及寄生生物附著的情況。當發現無新蚵形成時，應遷移蚵棚或降低放養量，若是受塵土沉積，則應用水沖洗，以防寄生生物附著。一旦發現有牡蠣死亡時，應立即檢查是否為扁虫與蚵螺所危害，若是，則加以摘除並即刻曝曬，或浸漬石灰水或噴射高鹽份水。曝曬方法是將蚵串拉出水面，吊掛在蚵架上或保麗龍上，進行曝曬。使用石灰浸漬法，則是將蚵串取回岸上，用石灰溶液浸漬5~10分鐘後，再行養殖。利用生物剋制的方式也是可行方法之一。根據試驗結果，發現在水泥池中所養的草蝦與黑鯛都有攝食扁蟲的現象，且效果顯著。因此，漁政有關單位可以考慮在牡蠣放養初期，大量放流掠食扁蟲且定棲沿岸的魚蝦類，可抑制扁蟲，避免牡蠣受扁蟲危害。最後是停養一段時間並清除掉落海底的牡蠣及殘蚵等硬物，也是防止扁蟲危害的有效策略。扁蟲會利用牡蠣、蚵等硬體物來產卵以進行繁殖，目前休養期為4個月，宜延長為6個月或休養1年後再行放養，期間可利用底拖網清除海底，因無可利用之物存在，而得以切斷其生活史，從源頭根治扁蟲的發生。