高雄港務局為利於發展國家經濟及提昇港埠競爭力，與本所進行多次協商，希望能採以地易地方式，將本所沿近海資源研究中心由原來的漁港北一路遷建至鄰近的漁港北三路。本所基於整體發展的考量，同意遷移。新研究大樓由高雄港務局配合本所業務需求，負責規劃興建，前後歷經兩年多的時間，於今 (100) 年5月竣工。沿近海資源研究中心完成搬遷工作後，於2011年6月27日由蘇所長揭牌後正式入駐新址。