松毬魚屬於輻鰭魚綱 (Actinopterygii) 金眼鯛目 (Beryciformes) 松毬魚科 (Monocentridae)。松毬魚科下包含光頜松毬魚屬 (Cleidopus) 與松毬魚屬 (Monocentris)，前者僅澳洲光頜松球魚 (C. gloriamaris) 一種，後者則有紐西蘭松毬魚 (M. neozelanicus)、里氏松毬魚 (M. reedi) 及日本松毬魚 (M. japonica) 三種。分布於臺灣海域者則只有日本松毬魚。