牡蠣是我國重要的經濟性貝類，本所為究明臺灣產牡蠣資源與分布現況，自2008年起，進行牡蠣物種分布的基礎調查。除了利用生命條碼 (DNA barcoding) 的分子生物技術將過去被誤鑑為「太平洋牡蠣」(Magallana gigas) 的臺灣蚵仔正名為「葡萄牙牡蠣」(Magallana angulate)，並陸續在各處潮間帶發現3屬14種的牡蠣，其中尤以屏東縣大鵬灣的物種多樣性最高， 並在該處發現了矮牡蠣(Ostrea stentina) 及雙線牡蠣 (Magallana bilineata) 兩個臺灣新紀錄種，更新臺灣生物多樣性。