日治時期臺灣總督府在臺南廳效忠里上鯤鯓設立「臺灣總督府民政部殖產局附屬鹹水養殖試驗場」，係本所海水繁養殖研究中心 (海水中心) 的最早前身。自1918年12月27日成立迄2018年止已屆滿百年，此期間走過日治、臺灣省政府及行政院農業委員會等時期，歷經多次改組更名，並於1976年從上鯤鯓搬至七股區曾文海埔地的現址。百年來，在各時期的場長、支場長、分所長及主任的帶領下，積極從事各種水產生物的繁養殖研究，包括虱目魚、吳郭魚、海水鯛、草魚、鰱魚、烏魚、石斑魚等魚類，斑節蝦、草蝦、紅尾蝦、淡水長臂大蝦及蟳等甲殼類，九孔、牡蠣及文蛤等貝類，以及龍鬚菜和輪蟲、矽藻、螺旋藻及光合菌等餌料生物，對促進臺灣養殖產業的發展貢獻良多。