文蛤養殖一直是臺灣貝類養殖的大宗，根據漁業年報資料顯示，2021年文蛤養殖面積約8,000－9,000公頃，佔整體陸上養殖面積25%，產量近4.9萬噸，產值約新臺幣40億元，佔總體鹹水魚塭產殖25% 和貝類產值47%，相較於牡蠣年平均產量2萬公噸，蜆的產量平均為4,500公噸，顯見其重要性。在文蛤選育的過程中主要是以遺傳標誌作為選育的工具，而遺傳標誌主要分為形態標誌、細胞標誌、生化標誌和分子標誌四類，其中形態標誌是指肉眼可見或儀器可測量的特定生物外部形態特徵，但形態標誌易受基因產物與環境影響，要和分子遺傳標誌一併使用，而分子遺傳標誌是利用分子生物學的方法來區分不同的個體或群體，並且可以穩定遺傳的物質或性狀，與其他標誌相比具有穩定性、特異性、多態性及操作簡單等優點，本研究即是利用形態標誌和分子遺傳標誌，針對不同地區成長的文蛤進行殼色分析及作為育種的參考。
形態標誌是以殼色、殼長、殼寬及殼高等明顯的殼性狀進行篩選標的，研究中發現貝類的色素 (pigment) 表現通常和黑色素 (melanin)、類胡蘿蔔素 (carotenoid) 和吡咯 (pyrrole) 有關 (Williams, 2017)，其中黑色素表現又和酪胺酸酶 (tyrosinase) 有關。在太平洋牡蠣 (Crassostrea gigas) 的研究中發現，Tyr基因和殼的色素形成有關，而Tyr-2基因則和殼的形成機制相關 (Zhu et al., 2021)，在牡蠣的研究中發現，殼色基因和成長基因有鏈鎖現象，深色的牡蠣其成長的體型優於一般殼色的牡蠣 (Xu et al., 2017)；另外在文蛤 (Meretrix meretrix) 的研究中也發現，刻痕基因 (Notch gene) 除了會參與殼色素形成機制，也會參與鈣離子調控機制，可以推論基因表現控制大部分殼色的形成 (方等，2017；劉等，2015)。
在中國育成的文蛤品系中，較為被廣泛運用的有文蛤萬里紅及文蛤萬里2號)。文蛤萬里紅，顧名思義即是文蛤有鮮豔的紅殼，是由江蘇地區野生群中選取基礎群，以顏色和生長速度為選育標的，經由5代的連續選育而成，12月齡貝其棗紅色體色佔個體比例100%，平均體重和未選育文蛤相比可以提高24.1% (林等，2015)；文蛤萬里紅2號，以顏色 (暗紅鋸齒花紋) 和生長速度為選育標的，經由4代的連續選育而成，增產率和未選育文蛤相比可以提高28.7－38.2% (林等，2019)。