益生菌為生物製劑的一種，近年來越來越多研究者針對益生菌的功效進行試驗。目前益生菌在水產養殖的應用日漸受到重視，其主要目的是希望藉由它幫助養殖生物對抗疾病入侵、改善腸道菌相平衡、改善水質或是提高養殖生物的成長率等。
使用益生菌的方式可分為餵食、浸泡或注射。餵食方式是將益生菌添加於飼料內投餵給養殖生物，有助改善其腸道菌相的平衡，幫助食物的消化吸收，調節與增強生物體的免疫力。浸泡方式是將益生菌投入養殖環境水體內，有效改善養殖環境，減輕有機物累積的壓力和延緩池底老化的時間，從而降低環境惡化與對養殖生物產生緊迫。注射可採單獨注射或與疫苗混合注射方式。將具毒性的特定病菌 (病原菌)，進行減毒或失活後製成疫苗，將疫苗注入生物體，使其對特定病菌產生專一性抗體。注射益生菌則是將無毒性的細菌打入體內，刺激生物提高非專一性的免疫力，增加生物體的抗病性。兩者最大的不同在於注射益生菌，不會只對特定的病菌進行抵禦。