寄生蟲是水產動物的重要病原之一，為能有效防治養殖水產動物的寄生蟲疾病，臺、日、美及歐盟各國政府皆規範了合法的除蟲劑供養殖業者施用，列如表1。其中，中華民國行政院農業委員會於2014年10月22日公告的除蟲劑，有三氯仿 (Trichlorfon、Metrifonate，又名三氯松) 1項，用於殺除鰻形目 (Anguilliformes)、鼠鱔目 (Gonorynchiformes)、鯉形目 (Cypriniformes)、鱸形目 (Perciformes) (吳郭魚除外) 魚體表或鰓之原蟲類、單殖吸蟲類、甲殼蟲類等外部寄生蟲，停藥期為5天。日本農林水產省於2015年1月31日公告水產用醫藥品使用規範第28報，核准水產動物使用的除蟲劑有三氯松、普奎特 (Praziquantel)、溶菌素 (Lysozyme)、雙氧水 (Hydrogen peroxide)、肥胖得 (Febantel) 及丙酮酸甲酯 (Methyl pyruvate) 6項；其中，三氯松用來驅除鰻形目的錨蟲、鯉形目的魚虱和錨蟲，停藥期5天；普奎特及溶菌素分別用來驅除鱸形目的白肌蟲及白點蟲，停藥期各為10天及3天；雙氧水用來驅除鱸形目及魨形目 (Tetraodontiformes) 的白肌蟲及鰓寄生蟲，無停藥期規定；肥胖得用來驅除魨形目的鰓寄生蟲，停藥期21天；丙酮酸甲酯用來驅除魨形目的外部寄生蟲 (魚虱科橈足動物)，停藥期1天。歐盟各國用來驅除魚的外部寄生蟲之除蟲劑有甲基吡啶磷 (Azamethiphos)、第滅寧 (Deltamethrin)、因滅汀 (Emamectin)、祿芬隆 (Lufenuron)、賽滅寧 (Cypermethrin)、二福隆 (Diflubenzuron) 及得福隆 (Teflubenzuron) 7項，前4項適用於所有有鰭魚 (finfish)，後3項限用於鮭科 (Salmonidae) (歐盟規範2377/90附錄I，更新至2015年6月)。美國食品暨藥物管理局 (FDA) 核准在水產養殖環境使用的除蟲劑有福馬林 (Formalin) 1項，用來驅除魚及對蝦類的外部原蟲和魚的單殖吸蟲，也可控制魚卵的水黴感染症，此外，FDA也和日本一樣，准許養殖業者使用雙氧水，不過，是用來防治淡水魚的細菌性鰓病及淡水魚卵的水黴感染症；這2項藥物都無停藥期規定。