本所自2002年開始投入人力進行小丑魚人工繁殖技術研發，包括種魚培育、配對、控制誘發全年產卵、胚胎發育及仔稚魚形態變化觀察、餌料生物運用及種苗培育等技術，截至目前為止已建立台灣周邊海域產5種及國外品種10種小丑魚之人工繁殖相關技術，並將研發成果實際運用於產業需求，規劃設計全國首座「小丑魚種苗生產模廠」，期能經由人工大量繁養殖，以提供水族市場需求創造利基外，更能減少從海洋捕撈之數量，對小丑魚資源的保護具有正面意義。