澎湖群島散佈在台灣西南海域，是台灣唯一的島縣，由64個大小島嶼組成。金黃的沙灘、蔚藍的天空、碧綠的海水、豐富的漁產等等是澎湖的主要資源。觀光業與水產業則是當地兩項重要的經濟活動。為了進一步促進觀光產業的發展，有效縮短城鄉差距，並且豐裕居民生活，台灣省水產試驗所自80年度起逐年編列預算，委請美商科精美國際工程顧問公司規劃、設計，國登營造工程股份有限公司承造，台灣首座結合「科技研究」、「社會教育」與「觀光遊憩」等多樣化功能，具國際水準的水族館，在省政府前連主席及宋省長與各部門的全力支持，以及澎湖鄉親的引領企盼下歷經4年的興建，終於誕生。