台灣的河川短促，而且地形陡峭，因此水資源十分有限，加上工業的發展污染了部份水源，因而常發生疑似漁業公害案件。經學術研究單位的調查，發現部份水域有重金屬含量偏高的現象，而偏高的重金屬很難去除，而且對於幼小且脆弱的水產幼苗活存將產生嚴重的影響。因此，政府目前規劃發展的「亞太地區水產種苗供應中心」，亦將面臨嚴重的考驗。