本所前身為日據時期之台灣總督府水產試驗場，1929年11月間創設台灣總督府水產試驗場以前，即已開始進行魚類調查研究計畫及蒐集各種標本，截至1945年第二次世界大戰終止為止，約有 250種魚類標本由台灣總督府移交台灣長官公署。1945年後迄今已累積相當數量之種類和尾數，其蒐集過程已有66年以上的歷史，其間並發表甚多研究報告，保存了貴重的台灣魚類生物科學資料。