遠洋漁業資源研究，在鮪類資源方面主要由台灣大學海洋研究所推動，研究的海域包括南太平洋、印度洋、大西洋，研究的魚種主要為長鰭鮪、黃鰭鮪與大目鮪，南方黑鮪資源日益受重視，其資源研究在未來將會日趨重要。另外，台灣省水產試驗所也每年派遣海功號前往印度洋及北太平洋從事長鰭鮪資源之調查與研究。這些鮪類資源之研究成果均被提報至等國際漁業管理組織中，以爭取我國業者利用該等漁業資源的權益。在魷類資源方面主要是由經濟部與國立台灣大學合辦的漁業生物試驗所推動，水產試驗所亦派海功號進行北太平洋魷漁場之研究調查。