在近海與沿岸漁業資源方面，主要為小型拖網漁業資源，鯖鰺漁業資源、烏魚資源、東部洄游魚類資源、深海漁業資源等。這些漁業資源之研究，如底棲魚類資源，在早期是由經濟部與國立台灣大學合辦的漁業生物試驗所，後來則由台灣大學海洋研究所、中研院動物所、台灣省水產試驗所、海洋大學及中山大學等來推動。研究之成果主要做為漁政單位在規劃漁業資源管理時之參考與依據。