魚探機所使用之超音波分高頻與低頻，其中，低頻波長較長，在相同功率下，探測水深相對較深；而高頻穿透力較佳，雖探測水深較淺，但訊號較為清晰。
為避免使用魚探機進行探測遭遇干擾，建議解決方式如下：
水中懸浮微粒：將一般商用魚探機之探測增益 (Gain) 調低，雜訊便會減少 (不過在探測浮游生物方面，相對的也會較難探測到)。
二次回波：二次回波是聲音原本就具有之特性，一般而言將探測深度設成與當時海底相同之深度，便可避免看到二次回波。舉例而言，當魚探機設定深度為150 m，而當時實際海底深度為50 m時，在魚探機螢幕上，會看到兩個海底：一個在50 m、一個在100 m。其中100 m所呈現的訊號就是二次回波。此點可以用肉眼輕鬆判讀。只要將魚探機設定深度調為50 m，二次回波便會消失。
介質密度改變：海水中介值改變所造成的雜訊干擾，應遠不如水中浮游生物與懸浮粒子在螢幕造成的雜訊斑點，建議仍以調整增益之方式改善。