養殖系統中的氨氮主要是由水產動物將飼料中氨基酸分解 (脫氨作用) 後，自鰓部排出體外。在水產動物可耐受的水溫範圍內，較高的水溫會增加水產動物的代謝速率，因此，排氨氮的速度會增加。
水中的氨氮經過硝化細菌 (Nitrosomonas) 轉變為亞硝酸氮，氨氮或亞硝酸氮含量太高時均會影響水產動物成長，嚴重者造成死亡。亞硝酸氮繼續經過另一類硝化細菌 (Nitrobacter) 轉變為硝酸氮，其毒性就相當低。硝化細菌的硝化作用受水溫影響，一般而言，溫度在5－35℃之間，硝化速度隨著水溫上升而增加。
因此，較低溫的狀況下，水產動物排氨氮的速度會降低，相對的，水中硝化細菌的硝化作用速度也下降。