魚蝦未食用完的大豆渣 (黃豆粕) 會影響水質，長期下來易造成養殖池底質老化，水質偏酸。又因為大豆渣是黃豆副產品，其供給魚、蝦的消化能，遠遠低於澱粉，建議使用大豆渣投餵魚蝦時，需搭配能量飼料作為補充。
根據文獻，大豆渣含有抗營養物質，例如：植酸 (phytate)、皂素 (saponin)、抗維生素因子 (Anti-Vitamin) 等，會影響魚蝦對礦物質及維生素的吸收，需藉由發酵的過程，破壞抗營養物質，而大豆渣中的蛋白質在發酵過程中也會被降解成大量的胜肽，容易被魚、蝦吸收，提高營養價值 (相關資訊請參考水產動物營養與飼料學，李愛杰，1998年；魚類營養及飼料學概要，莊健隆，1992年)。
養殖池中殘餘的大豆渣會降低土壤與水的pH值，形成酸化。
建議餵飼豆渣時，可額外添加維生素、礦物質、胺基酸等營養，促進生長以及維持放養生物之健康，使魚、蝦不至於產生營養不良的現象。