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光合菌及硝化菌在養殖上都有淨化水質的功能，其中硝化菌的功能是去除水中有毒的氨和亞硝酸，而光合細菌亦可消耗水中的小分子有機物、氨、硝酸鹽和亞硝酸鹽，因此二者皆會分解殘餌與排泄物，並加速氨和亞硝酸的排除。