成魚養殖過程中，有時會發現魚苗大量繁殖，干擾正常的養殖。這是因為在大量選別種魚時，誤判種魚性別，這些人為誤差會導致魚苗雄性比率下降。另一因素是，吳郭魚是雌雄異體的兩性生殖魚類，性別決定主要是靠性染色體 (sex chromosome) 的基因型，但溫度、壓力及光線等外在因素或體染色體 (autosome) 也有可能影響性別決定，所以單雄性吳郭魚養殖，理論上雄性比率應該為100%，實際大量養殖時仍約有5－10% 的雌魚。
吳郭魚既是雌雄異體的兩性生殖魚類，通常性別分化完成後就不會改變，除非有人為的外力因素介入。