吳郭魚養殖過程中有時會發現魚苗大量繁殖，干擾正常的養殖。這是因為在大量選別種魚時，誤判種魚性別，這些人為誤差會導致魚苗雄性比率下降；另一因素，吳郭魚是雌雄異體的兩性生殖魚類，性別決定主要是靠性染色體 (sex chromosome) 的基因型，但溫度、壓力及光線等外在因素或體染色體 (autosome) 也有可能影響性別決定，所以單雄性吳郭魚養殖，理論上雄性比率應該為100%，但實際大量養殖時仍約有5－10% 的雌魚。
臺灣一般是用種間雜交 (尼羅吳郭魚♀ × 歐利亞吳郭魚♂) 來生產單雄性魚苗，所以僅第一代 (F1) 能控制性別，第二代 (F2) 以後都不能控制性別。