蟹與蝦同為甲殼類，疾病較為類似，常見的疾病可分為病毒性、細菌性及寄生蟲三大類。病毒性多由白斑病毒 (white spot disease virus, WSDV) 引起，簡稱白斑病，無論是淡、海水蝦蟹類都會感染，易造成大量死亡。弧菌 (Vibrio sp.) 種類多，是海水環境下常在的細菌，也是魚蝦蟹貝常見的細菌性疾病病原。寄生在鰓部的寄生蟲，包括鐘形蟲、杯狀蟲等；寄生在體表者則有蟹奴、藤壺等。若綜合感染，會引發黃斑病、黑鰓病等。
疾病的發生不外乎是水質環境不佳或變化急劇、生物體本身虛弱，以及病原的存在等因素。在放養前應確實進行生物體檢疫，養殖池環境消毒等工作，養殖期間則需做好投餵及養殖管理，才能防止病原的侵入。
疾病用藥的部分，可參考水產動物用藥品使用管理規範，建議發現養殖蟹出現減少攝食或活力不佳時，應儘速採集檢體及養殖池水樣本，就近前往各縣市動物防疫機關，由水產獸醫師進行診斷，必要時依循獸醫師指示投藥，以減少損失。