室外養殖池池水一般會呈現綠色、褐色或是黃綠色，這些顏色來自於水中微細藻類，在養殖管理中稱之為水色。這些微細藻類就是懸浮在水中的小型微細藻，除了常見的藍綠藻、綠藻、矽藻之外，還有金褐藻、隱藻、渦鞭毛藻、裸藻、定鞭藻以及綠鞭藻等。因為藻類細胞內含有色素，所以在養殖池中大量增生之後，水體就會呈現出特定顏色，一般而言藻體約在102個/cc就會呈現出淡淡的顏色。一般綠藻與藍綠藻呈現的是綠色，而矽藻是褐色。浮游藻類在養殖池生態系統中扮演多重角色，能製造與消耗氧氣、吸收水中過多營養鹽淨化水質以及作為魚、蝦苗的餌料生物。
養殖池藻類正常數量是維持在105－107個/cc間，其數量主要受養殖池中氮、磷以及其他營養鹽控制，例如餵食增加會導致主要營養鹽類增多，藻類自然就增加；一些限制性營養鹽減少，藻類數量就會減少。藻類對水質產生的最大影響就是溶氧變化，因為藻類在水中進行光合與呼吸作用，所以池中溶氧會隨著光照時間而起伏。當藻類數量過多時，白天因光合作用導致水中溶氧過度飽和，養殖生物容易因而發生氣泡病；晚上進行呼吸作用時則會快速消耗溶氧，甚至在清晨達到最低點導致泛池。但藻類太少時也可能因為光合作用不足，導致整天的溶氧不足。所以養殖過程中，必須保持池中藻種與數量的平衡。
光合菌是具有葉綠素或類胡蘿蔔素等色素的特殊細菌，可以行光合作用合成自身所需的醣類或能量，是自然界的生產者；另外，這類菌還可以分解含氮有機物質、小分子有機酸和去除硫化氫等有毒物質，也是自然環境的分解、淨化者，有助於淨化池底和改善水質。由於藻類數量主要受養殖池中氮、磷以及其他營養鹽控制，而光合菌會利用含氮有機物質等，因此，適當使用光合菌應該能夠降低池水中營養鹽，並避免藻類大量繁生，有助於改善水質。