水晶蝦是從原生種彩虹蜜蜂蝦挑選培育出來的新品種。早期引進的是紅白、黑白水晶蝦，後經由玩家們的努力，由紅白水晶蝦培育出酒紅以及藍金剛水晶蝦，再進一步繁殖出黑金剛水晶蝦。目前臺灣水晶蝦品相可區分為紅白蝦、黑白蝦、黑金剛、酒紅蝦、藍金剛等，而紅白與黑白水晶蝦又有〝純血〞與〝非純血〞之區分。所謂純血係指單一蝦種的繁殖，不會出現其他類型的水晶蝦。一般來說，歐美國家偏愛紅色較多的蝦種，日本則喜愛白色較多的蝦種，基本上是隨玩家的喜好及操作，朝向色紅濃白的目標邁進。
進行水晶蝦選種交配與品種改良的基礎是『孟德爾』的遺傳法則，為了提高蝦隻等級，選擇外型出色的個體當作種蝦自不在話下，一般常見的交配型式有下列幾種：(1)異系交配 (outbreed)：以沒有血緣關係的種蝦進行交配；(2)近親交配 (inbreed)：同一血統與同種間的交配，是繼承優良基因的方法；(3)近親雜交 (crossbreed)：來自同樣祖先，但兩親蝦非近親品系間的交配；(4)品系繁殖 (line breed)：在相近血緣品系下的蝦隻間，選拔傑出個體進行配種，達到優點強化的目標；(5)回交繁殖 (back breed)：子代再和其親蝦交配。
紅白色度、厚薄與分布是挑選種蝦的重點，一般就是挑選高等級的個體進行交配，讓子代保有高等級的遺傳基因。要能夠有效增加繁殖效率，每次最少應預備兩個水缸，一缸供種蝦繁殖，另一缸用來育成蝦苗。每一缸中放入3公、7母的種蝦，待母蝦抱卵後，將其移至育成缸，約莫3週，稚蝦孵化脫離母蝦後，再移回母蝦。一般而言，水晶蝦的選別、繁殖終會演變成近親交配，其結果易造成體色傾向白色、體型趨向小型化。因此，在提升個體品質之際，亦應謹記避免讓血統過於相近。
要飼養好水晶蝦，缸中穩定的生態系統相當重要，舉凡養殖所需的設備如：水缸、過濾器、底砂、燈光以及控溫系統等都需具備，實施品種改良則需準備較多水缸以進行選種隔離。另外，請自行參考坊間觀賞水族雜誌或專刊，對水晶蝦繁養殖亦有詳盡的介紹。