黃肉是肌肉及脂肪組織的顏色變黃，造成商品價值降低。黃肉的成因已有研究探討，歸納文獻資料，可能的原因及預防方法如下：(1)飼料若製造、運輸或儲存不當，容易造成不飽和脂肪酸氧化，魚攝食氧化程度高的飼料後，類蠟質沉積導致魚肉變黃。飼料的儲運應保持乾燥陰涼，並可於飼料中補充抗氧化劑 (如維生素C、E)，提高養殖生物的抗氧化能力，另有研究指出，抗氧化劑能避免魚肉在儲運的過程中氧化變黃。(2)吳郭魚飼料基於成本考量，多以植物性原料作為蛋白源，植物性原料含有葉黃素和玉米黃素等脂溶性的黃色類胡蘿蔔素，若飼料中含量過高，容易累積在生物體中，影響肉的呈色。有研究指出，飼料中若玉米蛋白粉添加過多，色素會沉積於肌肉組織，造成魚肉顏色黃化。建議飼料中的植物性原料應多樣化，避免單一植物性原料的色素過高，合理的原料組成也能補足限制性胺基酸的問題。