水族方面，應用硫代硫酸鈉主要是去除自來水中的餘氯，以硫代硫酸鈉去除自來水中的餘氯 (約0.5－2.0 ppm) 所需之用量約為0.1 g/10 L。使用方法係將自來水放入水桶內，加入適量硫代硫酸鈉，充分攪拌或打氣1小時後再倒入魚缸；以上述劑量並不會造成觀賞蝦死亡。目前去除自來水中的餘氯，除了以硫代硫酸鈉處理外，尚有以下方法：(1)以維生素C去除自來水中的餘氯 (約1.0 ppm) 所需之用量約為0.05－0.1 g/10 L，處理方法如同硫代硫酸鈉。(2)以活性碳器材過濾自來水。(3)預先將自來水長時間的強力曝氣處理。