綠水形成的原因，來自池水中如單細胞矽藻等微小的有機體。水中累積了過量自產氮肥及磷肥、養魚飼料施加過量，池底累積過量的有機廢物等等，都可能使養殖池水藻類相變化，而產生不同藻色。要消滅池中藻類並不困難，例如使用高濃度的除藻劑就可以迅速將它們消滅，不過，消滅藻類的同時，必須兼顧到不傷害水中養殖生物及養殖環境為原則。若能定期局部換水，降低水中的硝酸鹽及磷酸鹽濃度即可，間接達到穩定水質效果。因此一般業者面對此問題時，多以換水的方式解決。