造成臭土味的主因是養殖環境不理想，導致具臭土味的放射菌和藻類 (如顫藻、魚腥藻等) 過量繁生，因此需從加強養殖環境管理去預防，例如：定期清池和抽除底泥並以石灰消毒曝曬、養殖密度不要過高、正確控制投餌量不要使殘餌過多、合理的換水保持水質穩定等。去除養殖魚臭土味的方法包括將池魚移至清水中蓄養5－14天，或提高池水鹽度至千分之十等以殺除放射菌類，或以除藻劑除去顫藻及魚腥藻等。
光合菌及硝化菌在養殖上都有淨化水質的功能，可同時使用於魚塭。但二者培養的方式並不相同，硝化細菌具附著性，可將附著的基質放入養殖池中直接培養，或將養殖池水引入硝化菌床再回流使用，光合菌則建議另外建立培養系統，採定時添加。