小球藻能給輪蟲吃，亦可作為保健食品及其原料，但不論是小球藻或擬球藻，都必需先經過去鹽分等操作，才能供食用或作為保健食品原料。小球藻與擬球藻皆可作為水產餌料，但擬球藻營養成分較符合水產幼生需求，而小球藻雖然營養價值不若擬球藻，但培養相對簡單，易在池中形成藻色。