本研究室對養殖九孔進行養殖環境監測與相關疾病之調查研究，採樣之地點則包括宜蘭頭城、台東成功、高雄林園、屏東佳冬與離島金門及澎湖等。依據調查研究結果發現細菌性疾病 (bacterial diseases) 是影響九孔健康並造成大量死亡的主要原因。為此有必要對養殖環境與管理方式作通盤性的檢討，並從穩定環境菌相、降低病原攜入及徹底做好日常管理的環境監測做起。