台灣正式加入WTO 後，食品貿易的國際化與水產品市場的擴展，可能為水產業界帶來商機；然而，食品衛生安全問題也隨著食品工業化的發展而變得越來越嚴峻，例如：2000年法國李斯特桿菌污染事件、2001 年口蹄疫事件、2002 年中國大陸外銷白蝦藥物殘留事件、以及2003 年台灣鯛銷歐盟氯黴素殘留等食品安全問題相繼發生。