台灣正式加入WTO後，食品貿易的國際化與水產品市場的擴展，可能為水產業界帶來商機；然而，食品衛生安全問題也隨著食品工業化的發展而變得越來越嚴峻，例如：2002年大陸外銷白蝦藥物殘留事件、2003年台灣鯛銷歐盟氯黴素殘留、2004年台灣鰻魚輸日恩諾沙星殘留、以及2005年石斑魚發生孔雀綠殘留等食品安全問題相繼發生。為確保消費者的健康，各國政府、國際組織（包括WTO、FAO及CAC）等都相繼訂立關於食品衛生安全的規定，其目的就是要預防食品消費的潛在危害。由於食品衛生安全管制系統的推動已是世界的潮流，其延伸出各國不同的衛生安全標準及風險評估模式，遂為當前最重要的課題之一。