本所淡水繁養殖研究中心擁有臺灣最完整的吳郭魚種原庫，保存有不同品種與品系的吳郭魚。筆者等為進一步探究各吳郭魚種原之間的親緣關係，特針對種原庫中的吳郭魚種原以及市售的幾批吳郭魚苗，進行全序列單核甘酸多態性（Single-Nucleotide Polymorphism, SNP）檢測及遺傳分析。
SNP是一種分子標記，在基因體中的分布比微衛星分子標記更加密集，可用來區分不同種原之間的差異，以及進一步探討其親緣關係。在本次研究中，使用的吳郭魚全序列SNP晶片包含50,982個SNP位點，距離平均為10 kbp，樹狀圖則是以其中7,749 SNPs標記進行繪製。檢測的品種包括本所淡水種原庫所保存的尼羅吳郭魚、歐利亞吳郭魚、紅色吳郭魚、莫三比克吳郭魚等，分析結果與NCBI資料庫中現有吳郭魚品種的全基因組序列（圖示：NGS種原）進行比較後發現，淡水種原庫中所保存的吳郭魚品種純度非常高，其族群與現有資料庫中的族群，在樹狀圖上也是分開的兩區，亦即本所種原庫中擁有具有獨特性且獨立於現有資料庫之外，也與市售魚苗（圖示：POOL漁場編號）不同的族群；也就是說淡水中心種原庫保有的品種未與市售種原混雜，而這也是本所種原庫成立的重要目標之一。
綜合上述，利用吳郭魚全基因組SNP晶片所產生的多品系吳郭魚SNP資料庫，不僅提供了吳郭魚種原資源的保存依據，也可藉此了解各個族群之間的親緣遺傳關係，為吳郭魚的育種提供更多的選擇與發展方向，同時也為水產養殖業的發展注入更多元的基因資源。
圖一、此圖包含(1)種原庫中的吳郭魚種原(FRI)、(2)市售的吳郭魚苗(POOL)、(3)NCBI資料庫中的吳郭魚基因體(NGS)等，以全序列SNP所作親緣關係樹狀圖。(圖片由基育生物科技股份有限公司提供)