午仔魚生性敏感，容易因環境變化受到緊迫，因此許多養殖戶選擇應用益生菌來強化午仔魚的免疫機能與抗病力，同時協助穩定養殖環境，讓午仔魚就算生病也不容易死亡，提昇養殖成效。
世界衛生組織(WHO)及聯合國糧農組織(FAO)將益生菌定義為「給予足量時，會對宿主的健康有益處的活微生物，」。因此可以推知，使用益生菌時，第一、要給予足夠的量才能有促進效果；第二、益生菌是靠分泌物質來作用，不同種的益生菌會分泌不同的功能物質。
研究證實，飼料添加乳酸菌(Leuconostoc mesenteroides B4)、芽孢桿菌(Bacillus pumilus D5)及其產生的益菌質(prebiotics)可以提升午仔魚遭到發光桿菌攻擊時的相對活存率達20%以上；施用枯草桿菌(Bacillus subtilis)可降低水中總氨、亞硝酸及硝酸濃度，有助於優化水質；添加澱粉液化酶芽孢桿菌(Bacillus amyloliquefaciens)則具有抑制弧菌的效果。
仔魚投餵益健飼料後以發光桿菌攻毒之活存率
不同的益生菌功能各異，依需求選擇適當的益生菌，有助於建立穩定的養殖環境，並強化養殖物種的抗病力與免疫力，進而減少藥物的使用，提高養殖效益，落實健康養殖的最終目標。